Par le Dr. Fabio Zannoni, Gastro-entérologue à l’Aventino Medical Group, Rome
Introduction
Le microbiome intestinal est un écosystème complexe composé de milliards de bactéries et d’autres micro-organismes qui vivent dans notre tractus gastro-intestinal. Cet univers microscopique joue un rôle crucial dans la digestion, la synthèse des vitamines et l’équilibre du système immunitaire.
Selon les dernières études, un microbiome sain favorise la biodiversité microbienne, réduisant ainsi le risque de dysbiose et prévenant des troubles gastro-intestinaux tels que le syndrome de l’intestin irritable (SII) et les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI).

Le rôle clé du microbiome dans la santé digestive
Un intestin sain ne se limite pas à une bonne digestion, il est également essentiel pour la santé globale. Le microbiome intestinal remplit plusieurs fonctions fondamentales :
- Digestion et absorption des nutriments : il aide à décomposer les fibres et à produire des acides gras à chaîne courte, essentiels à l’énergie et au métabolisme.
- Synthèse des vitamines : certaines espèces bactériennes produisent de la vitamine K et des vitamines du groupe B, indispensables à de nombreuses fonctions biologiques.
- Régulation du système immunitaire : environ 70 % des cellules immunitaires se trouvent dans l’intestin, où le microbiome joue un rôle crucial dans la modulation des réponses immunitaires.
- Protection contre les agents pathogènes : une flore intestinale équilibrée agit comme une barrière contre les bactéries nuisibles et les infections.
- Influence sur la santé mentale : l’axe intestin-cerveau régule des aspects cognitifs et émotionnels, influençant l’anxiété, la dépression et le stress.
Dysbiose intestinale : symptômes et conséquences
Le microbiome intestinal agit comme une barrière protectrice contre les agents pathogènes qui entrent en contact avec notre système digestif. Il stimule en permanence la réponse immunitaire, permettant ainsi à l’organisme de tolérer les micro-organismes bénéfiques et de les reconnaître comme alliés.
Une dysbiose intestinale survient lorsque l’équilibre entre bonnes et mauvaises bactéries est perturbé. Les causes les plus fréquentes sont une alimentation déséquilibrée, le stress, l’abus d’antibiotiques et la sédentarité.
Les symptômes typiques d’un microbiome déséquilibré incluent :
- Ballonnements et gaz intestinaux
- Diarrhée ou constipation chronique
- Malabsorption des nutriments et fatigue
- Douleurs abdominales récurrentes
- Troubles de l’humeur et anxiété
Un microbiome altéré est associé à plusieurs pathologies, telles que le syndrome de l’intestin irritable (SII), la maladie de Crohn, la rectocolite hémorragique, l’obésité et le diabète de type 2.
Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI), ainsi que le syndrome de l’intestin irritable, l’entérocolite infectieuse et les intolérances alimentaires, sont souvent liées à une altération du microbiome, une augmentation de la perméabilité intestinale et une réduction de la diversité microbienne. Ces phénomènes peuvent être causés à la fois par des facteurs génétiques et des modifications du microbiome.
Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP), une classe de médicaments largement utilisée pour traiter le reflux gastro-œsophagien (RGO) et l’excès d’acidité gastrique, modifient non seulement le microbiome intestinal, mais aussi le microbiome buccal.

Comment améliorer et maintenir un microbiome intestinal sain ?
Une alimentation équilibrée et un mode de vie sain sont essentiels pour préserver un microbiome harmonieux. Voici quelques stratégies efficaces :
Adopter une alimentation riche en fibres prébiotiques
Certains aliments favorisent la prolifération des bactéries bénéfiques, notamment :
- Prébiotiques : présents dans l’ail, l’oignon, les poireaux, les asperges, la banane et les légumineuses.
- Probiotiques : présents dans le yaourt, le kéfir, le miso, le kimchi et la choucroute fermentée.
- Polyphénols : contenus dans le thé vert, le cacao, les myrtilles et l’huile d’olive, favorisant la diversité microbienne.

Éviter les aliments ultra-transformés
Les sucres raffinés, les édulcorants artificiels et les graisses trans favorisent la prolifération des bactéries nocives, perturbant ainsi l’équilibre intestinal.
Pratiquer une activité physique régulière
L’exercice physique modéré contribue à la biodiversité du microbiome.
Limiter l’usage inutile des antibiotiques
L’abus d’antibiotiques détruit la flore intestinale bénéfique. Après un traitement antibiotique, il est utile d’intégrer des probiotiques dans son alimentation.
Le microbiome et son influence au-delà de la digestion
Le microbiome intestinal ne se limite pas à la digestion. Il interagit avec de nombreuses spécialités médicales, notamment :
- Gastro-entérologie : SII, maladie de Crohn, rectocolite hémorragique.
- Immunologie : Réponse immunitaire, maladies auto-immunes.
- Endocrinologie : Obésité, diabète et syndrome métabolique.
- Neurologie et santé mentale : Anxiété, dépression et stress chronique.
Comment diagnostiquer une dysbiose ?
L’évaluation commence par l’analyse minutieuse des symptômes du patient.
Les examens incluent :
- Analyses sanguines et examen des selles, avec des tests spécifiques pour détecter l’inflammation et la maladie cœliaque.
- Échographie des anses intestinales et entéro-IRM, qui permettent une évaluation fiable de l’intestin, bien qu’elles nécessitent un opérateur spécialisé.
- Coloscopie, qui permet d’observer la muqueuse colique, d’effectuer des biopsies si nécessaire et d’enlever d’éventuels polypes adénomateux, considérés comme lésions précancéreuses.
FAQ – Questions fréquentes sur le microbiome intestinal
Quels sont les signes d’un microbiome équilibré ?
Un intestin sain se manifeste par une digestion régulière, l’absence de ballonnements et un bon sommeil.
Quels aliments nuisent au microbiome ?
Les aliments ultra-transformés, les sucres raffinés et les édulcorants artificiels peuvent perturber la flore intestinale.
Les probiotiques sont-ils vraiment efficaces ?
Oui, mais ils doivent contenir des souches spécifiques adaptées aux besoins individuels. Il est toujours conseillé de consulter un spécialiste.
Combien de temps faut-il pour rééquilibrer le microbiome ?
Les améliorations peuvent être observées en 2 à 4 semaines après des changements alimentaires et de mode de vie.

Conclusion
Maintenir un microbiome intestinal sain est essentiel pour la santé digestive et générale. En adoptant une alimentation équilibrée, une activité physique régulière et une bonne gestion du stress, il est possible d’améliorer la santé intestinale et de prévenir de nombreuses pathologies.
À l’Aventino Medical Group de Rome, notre équipe de gastro-entérologues propose des consultations spécialisées en cabinet, à distance et à domicile pour garantir un suivi personnalisé et complet.
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